L’Etat a mis en place une gouvernance équilibrée pour le Port de Lyon qui s’inscrit dans la démarche de Schéma Directeur. Cette gouvernance permet de partager les grands enjeux du Port de Lyon entre les différents acteurs du territoire.
En 2005, les conditions de développement du Port de Lyon ont été transcrites dans une Charte partenariale entre l’État, Voies Navigables de France (VNF), la Région Rhône-Alpes, la Communauté urbaine de Lyon, les Villes de Lyon et Saint-Fons et CNR.
En 2015, un « Schéma portuaire lyonnais et ses territoires d’influence » a été adopté pour fixer les orientations de développement des ports métropolitains (Villefranche, Lyon, Solaize-Sérézin-Ternay, Loire Saint Romain et Salaise-Sablons) dans 5 filières : hydrocarbures, conteneurs, BTP, produits valorisables, logistique urbaine. Il prévoit l’élaboration d’un projet de développement du Port de Lyon et d’une nouvelle charte de partenariat.
En juillet 2018 (COPIL de lancement), le Préfet de Région a initié une démarche prospective et collaborative impliquant notamment les signataires de la précédente Charte. Il a donné l’objectif de bâtir un « Schéma Directeur du Port de Lyon », fixant les orientations de développement à horizon 2030, dans une perspective à 2050.
En juillet 2019, lors d’un COPIL intermédiaire, le Préfet de Région a acté les cinq orientations du projet de Schéma Directeur à l’horizon 2050 :
Les membres de la gouvernance partenariale du Port de Lyon sont les suivants :
